对增值税小规模纳税人由税务机关代开专用发票的规定：
  （一）关于代开"专用发票"的税务机关具体确定问题
    为小规模纳税人代开"专用发票"的税务机关，统一规定为该小规模纳税人的主管税务所，其他任何机构或部门都不得承担（包括接受委托）代开发票的职责。
  （二）税务机关为小规模纳税人代开专用发票必须加盖税务机关代开增值税专用发票专用章。
    税务机关代开专用发票，除加盖纳税人财务专用章或发票专用章外，必须同时加盖税务机关代开增值税专用发票专用章，凡未加盖上述专用章的，购货方一律不得作为扣税凭证。
    税务所代小规模纳税人开具增值税专用发票时，其税务机关代开增值税专用发票专用章加盖在专用发票底端的中间位置。
    税务机关代开专用发票专用章使用红色印泥。
 （三）小规模纳税人申请代开"专用发票"的报批手续
    凡能够认真履行纳税义务的小规模纳税人，在销售货物或提供应税劳务过程中，确属需要经常开具"专用发票"的，可书面向主管税务所提出申请，经区、县税务（分）局批准后纳入代开"专用发票"的范围，发给市税务局统一印制的《代开增值税专用发票申请单》。该申请单一式三联，第一联为申请联，第二联为核查联，第三联为存根联。
（四）代开"专用发票"的具体操作办法
    小规模纳税人发生需要开具"专用发票"的经营业务时，应先按税务机关的要求填写《代开增值税专用发票申请单》，然后持申请单中的申请联、核查联到主管税务所指定的开票地点要求换开"专用发票"，主管税务所收到该申请单后应认真审核所填内容是否真实、正确，然后再换开"专用发票"并加盖由市税务局统一编号、刻制的"上海市税务局××分局换开发票专用章"或"上海市××税务局换开发票专用章"。"专用发票"第一联连同申请单的第一联存税务所备查，"专用发票"第四联交纳税人带回记帐。
（五）关于代开"专用发票"的填写规定
    税务所为小规模纳税人代开"专用发票"，应在"专用发票"、"单价"栏和"金额"栏分别填写不含其本身应纳税额的单价和销售额；"税率"栏填写增值税征收率６％；"税额"栏填写其本身应纳的税额，即按销售额依照６％征收率(自1998年7月1日起对小规模商业企业增值税征收率由6%调减为4%，非商业企业仍为6%征收率)计算的增值税额。一般纳税人取得由税务所代开的"专用发票"后，应以"专用发票"上填写的税额为进项税额。
（六）关于对部分实行定期定额征税办法的小规模纳税人申请代开"专用发票"后的税款问题
    对原按定期定额办法核定征收增值税的小规模纳税人要求代开"专用发票"的，主管税务所应将为其代开的销售额部分单独计算，与原来核定的定额相加后一并征收增值税。
（七）关于个别小规模纳税人临时要求代开"专用发票"问题
    对未向主管税务机关提出书面申请或未被纳入代开"专用发票"范围，但能认真履行纳税义
务的小规模纳税人，临时发生大额经营业务，需要代开"专用发票"的，可迳向主管税务机关提出临时申请，经税务所领导同意后，即时填写《代开增值税专用发票申请单》，由税务所代开"专用发票"并按相应规定缴纳增值税。
（八）在代开"专用发票"中要注意的几个问题
 １．任何税务机关都不得为无证经营者或非本税务所户管范围的纳税人代开"专用发票"，也不得违反"值税专用发票使用规定（试行）"开具"专用发票"。
  2．小规模纳税人不得为他人申请代开"专用发票"，违者除依据有关发票管理办法予以处理外，造成税款流失的，还要按《中华人民共和国征收管理法实施细则》第六十四条规定处理。
   3．凡属于税务机关认定的小规模纳税人，不论其取得或开具何种发票，均不得采用销项税额减除进项税额作为应纳增值税额缴纳的办法。